Kuten kaikki edeltävät versiot, Pokemon Crystal -versio pian Nintendo 3DS eShopissa.
Nintendo ilmoitti sen Crystal-versio on tulossa 3DS: ään 26. tammikuuta 2017 ja hinnoitellaan 9,99 dollaria. Peliin lisätään myös muita ominaisuuksia.
Erityisesti, Kristalli on yhteensopiva Pokemon-pankin kanssa, jolloin pelaajat voivat siirtää mitä tahansa saamiaansa uusimpiin nimikkeisiin Ultra Sun ja Ultra Moon. Se mahdollistaa myös ristiin taistelun ja kaupan vanhempien versioiden kanssa Punainen, Sininen, ja Keltainen, ominaisuus nimeltä Time Capsule.
Pelin päätyttyä pelaajilla on mahdollisuus tallentaa Celebiä pelin aikana. Tämä on päinvastainen kuin alkuperäinen Pokemon Crystal, joka vaati erityistä lisävarustetta, jota kutsuttiin Game Sharkiksi, huijaamaan tienne tähän harvaan Pokemoniin.
Nintendo toteaa myös, että vapauttamalla Pokemon Crystal, nyt on mahdollista siirtää Pokemon sarjaan kuuluvista 29 ytimestä Ultra Sun ja Ultra Moon.